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Das Bayerische Amt für Waldgenetik hat als Sonderbehörde der Bayerischen Forstverwaltung die Aufgabe, die Forstwirtschaft durch Erhaltung und Verbesserung der Erbsubstanz der Waldbäume zu fördern und zu einer nachhaltigen Nutzung forstlicher Genressourcen beizutragen.
Die drei Hauptsäulen dafür sind die angewandte forstgenetische Forschung, die Erhaltung forstlicher Genressourcen sowie die Kontrolle des Forstvermehrungsgutgesetzes.